ภาวะปากแหว่ง เพดานโหว่ อาจก่อให้เกิดผลเสียทั้งทางร่างกายและจิตใจ ทางด้านร่างกายเด็กจะมีปัญหาการดูดนมหรือกินอาหารไม่สะดวกมีความยากลำบากในการดูดกลืนโดยเฉพาะผู้ป่วยที่มีเพดานโหว่ มักมีอาการสำลักอาหารบ่อยๆ เด็กอาจมีภาวะขาดสารอาหาร เจริญเติบโตช้า ทางด้านจิตใจ หากเด็กที่มีชีวิตรอดและเติบโตขึ้นจะเห็นร่องรอยความผิดปกติที่ชัดเจน พูดไม่ชัด ทำให้เกิดปมด้อย บางคนไม่อยากไปโรงเรียนเพราะกลัวถูกเพื่อนล้อเลียน บางรายชอบเก็บตัวอยู่แต่ในบ้าน ไม่ยอมเข้าสังคม อาจพบปัญหาความพิการร่วมในระบบอื่นๆ ของร่างกาย เช่น ความพิการทางหัวใจ และระบบไหลเวียน ความพิการทางระบบทางเดินอาหาร ระบบขับถ่าย รวมทั้งทางระบบประสาท สามารถพบในเด็กที่มีภาวะปากแหว่งเพดานโหว่ได้ค่อนข้างบ่อย แพทย์จึงต้องตรวจร่างกายอย่างละเอียดและทำการรักษาหรือแก้ไขอาการต่างๆ เหล่านี้ไปพร้อมกันด้วย
- ปัญหาที่เกี่ยวกับการขาดสารอาหาร เด็กที่มีปากแหว่งและเพดานโหว่จะมีความยุ่งยากและมีความลำบากในการกินอาหาร จึงเป็นสาเหตุที่ทำให้เด็กได้รับสารอาหารไม่เพียงพอ อาจทำให้เจริญเติบโตช้าหรือขาดสารอาหารได้
- ปัญหาระบบทางเดินหายใจ การผิดปกติของกระดูกจมูก และเพดานปาก เป็นเหตุให้การหายใจของเด็กทารกติดขัด หรือเกิดการสำลักบ่อยๆ ซึ่งอาจนำไปสู่การติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจทั้งส่วนบนและส่วนล่างเช่น ปอดบวมได้มากกว่าปกติ
- ปัญหาการได้ยิน การติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ รวมทั้งการอักเสบของหูชั้นกลาง อาจเป็นเหตุผลหนึ่งที่ทำให้เกิดการสูญเสียการได้ยิน
- ปัญหาการพูดไม่ชัด ในด้านการออกเสียงลักษณะเสียงขึ้นจมูกทำให้พูดไม่ชัด
- ปัญหาของข้อต่อกระดูกขากรรไกร ความผิดปกติของเพดานอ่อนและเพดานแข็งอาจเป็นสาเหตุของการสบฟันที่ผิดปกติ ตามมาด้วยความผิดปกติของข้อต่อกระดูกขากรรไกร
- ปัญหาการเรียงของฟัน การเกิดช่องโหว่ทำให้การเรียงตัวของฟันผิดปกติหรือซี่ของฟันขาดหายไป
บิดามารดาควรได้รับคำแนะนำจากกุมารแพทย์ตั้งแต่ช่วงทารกแรกเกิด ถึงสาเหตุที่อาจเป็นไปได้ ก่อนทำการรักษา